Совершенствование и дальнейшее развитие системы охраны здоровья детей в Республике Башкортостан, обеспечение доступности высококвалифицированной медицинской помощи детям из сельской местности.
Обеспечение ранней диагностики заболеваний и предотвращение развития хронических форм болезни и инвалидности у детей.
Внедрение современных ресурсосберегающих медицинских технологий в детском здравоохранении для обеспечения высокого качества и интенсификации лечебно - диагностического процесса.
Совершенствование системы организации и качества оказания специализированной медицинской помощи детям. Повышение эффективности работы республиканских детских специализированных центров. Реструктуризация и развитие новых отделений и служб.
Подготовка и повышение квалификации медицинских кадров.