Контроль за реализацией Программы осуществляют государственные заказчики Программы - Министерство здравоохранения Республики Башкортостан и Центр государственного санитарно - эпидемиологического надзора в Республике Башкортостан. Для обеспечения координации работ по реализации Программы создается экспертная комиссия с участием представителей заинтересованных министерств, государственных комитетов и ведомств, общественных объединений.