Организационное обеспечение Программы предусматривает реализацию мероприятий соответствующих программ, разработанных и принятых заинтересованными органами и организациями и предусматривающих ландшафтное землеустройство с учетом особенностей аграрной реформы.
Мероприятия, намеченные Программой, выполняются землепользователями и землевладельцами на основе проектно-технологической документации. Затраты, не предусмотренные такой документацией, финансированию не подлежат.
Министерство сельского хозяйства Республики Башкортостан ежеквартально представляет в Министерство сельского хозяйства Российской Федерации отчет о ходе реализации Программы.