Общее руководство и управление Программой осуществляет Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан.
Контроль за реализацией Программы осуществляют:
Правительство Республики Башкортостан;
Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан;
Государственная жилищная инспекция Республики Башкортостан;
Министерство финансов Республики Башкортостан в пределах установленных полномочий;
администрации муниципальных районов и городских округов Республики Башкортостан - участников Программы.
Муниципальные образования Республики Башкортостан представляют в Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан отчеты по форме и в сроки, установленные Министерством жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан.
Информацию о ходе выполнения Программы Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Башкортостан представляет ежеквартально в Правительство Республики Башкортостан и Министерство экономического развития Республики Башкортостан.