Организация реализации программных мероприятий осуществляется Главным управлением. Финансирование программы производится за счет средств краевого бюджета в порядке, установленном для его исполнения.
Главное управление контролирует выполнение программных мероприятий, выявляет несоответствие результатов их реализации плановым показателям, устанавливает причины недостижения ожидаемых результатов и определяет меры по их устранению.
Отчеты о выполнении мероприятий программы представляются Главным управлением в Главное управление экономики и инвестиций Алтайского края ежеквартально, до 25 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, и в комитет администрации Алтайского края по финансам, налоговой и кредитной политике по установленной форме ежегодно, не позднее 25 января года, следующего за отчетным.