Сообщение водным транспортом осуществляется по озеру Байкал и рекам Баргузин, Селенга, Чикой, Верхняя Ангара.
Судоходство носит сезонный характер по причине длительного ледостава (более восьми месяцев). Навигационный период: с 1 июня по 20 сентября.
До 2020 года регулярные пассажирские перевозки осуществлялись по межрегиональному маршруту Иркутск - о. Ольхон - Турка (АО "Восточно-Сибирское речное пароходство", г. Иркутск). Объем пассажирских перевозок был незначительным. Так, в 2018 году было перевезено 53 пассажира, в 2019 году 89 пассажиров и в 2020 году перевозки не осуществлялись. В связи с нерентабельностью направление было закрыто.
Перевозки грузов внутренним водным транспортом на территории Республики Бурятия не осуществляются в связи с ограничительными требованиями экологического законодательства.
На территории Республики Бурятия имеются 16 гидротехнических сооружений, из которых эксплуатируются причалы в г. Улан-Удэ, г. Северобайкальск, населенных пунктах Турка, Усть-Баргузин, Танхой, Хакусы, Монахово.
Причальная инфраструктура преимущественно находится в неудовлетворительном состоянии. Причальные сооружения не соответствуют требованиям транспортной безопасности, технические паспорта требуют актуализации. Высокий износ флота также требует обновления.
Также сдерживающим фактором в развитии причальной инфраструктуры являются ограничительные требования природного и экологического законодательства.