Министерство связи и информационных технологий Республики Саха (Якутия) осуществляет контроль за целевым и эффективным использованием средств федерального и государственного бюджета Республики Саха (Якутия), выделенных на реализацию мероприятий Программы, на всем протяжении бюджетного процесса, начиная с этапа бюджетного планирования.
Ответственный исполнитель Программы ежеквартально осуществляет сбор информации от соисполнителей Программы, которые должны содержать общий объем фактически произведенных расходов, в том числе по источникам финансирования, отчетную информацию об исполнении каждого мероприятия.
Предварительный и текущий контроль за расходованием бюджетных средств осуществляют департамент республиканского казначейства Министерства финансов Республики Саха (Якутия) в части средств государственного бюджета Республики Саха (Якутия), Управление Федерального казначейства по Республике Саха (Якутия) в части средств федерального бюджета, поступающих на реализацию мероприятий Программы.
Последующий контроль за целевым и эффективным использованием бюджетных средств осуществляют департамент бюджетно-финансового контроля Министерства финансов Республики Саха (Якутия), Главное контрольное управление Республики Саха (Якутия), иные правомочные контрольные и надзорные органы.