ЦУКС организационно должен являться штатным подразделением Главного управления по делам ГО и ЧС при администрации Красноярского края с правами органа повседневного управления КЧС края.
В организационно-штатную структуру ЦУКС входят:
начальник;
заместитель начальника;
оперативные дежурные смены, в каждую из которых целесообразно включить группу оперативного дежурства, возглавляемую старшим оперативным дежурным ЦУКС;
оперативно-аналитическое отделение;
отделение операторов программно-вычислительных средств;
группа дежурных операторов систем связи и оповещения;
группа обеспечения функционирования ЦУКС;
группа дежурных операторов подразделений, входящих в ЦУКС.