Организация управления программой осуществляется министерством здравоохранения Красноярского края. Министерство здравоохранения Красноярского края определяет промежуточные результаты и производит оценку реализации программы в целом.
Контроль за исполнением программы осуществляют служба финансово-экономического контроля Красноярского края, министерство здравоохранения Красноярского края.
Министерство здравоохранения Красноярского края ежемесячно до 15 числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края отчет об исполнении программы.
Ежегодный доклад об исполнении программы с оценкой эффективности ее реализации, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год направляется в министерство экономики и регионального развития Красноярского края до 1 февраля года, следующего за отчетным.