Граница муниципального образования Северо-Енисейский район по смежеству с землями муниципального образования Мотыгинский район проходит от точки 12510 (узловая точка) до точки 16145 (узловая точка) протяженностью 318654,98 м.
От точки 12510 - узловой точки пересечения границ муниципального образования Северо-Енисейский район, муниципального образования Эвенкийский муниципальный район и муниципального образования Мотыгинский район граница идет 130384,26 м в юго-западном направлении от места впадения реки Ямга в реку Горбилок по руслу реки Горбилок вниз по течению до точки 13520.
От точки 13520 граница извилистой линией 5995,67 м следует от места впадения реки Горбилок в реку Большой Пит в юго-западном направлении по руслу реки Большой Пит вниз по течению до точки 13544. От точки 13544 извилистой линией 41287,29 м от места впадения реки Пенченга в реку Большой Пит в юго-западном направлении по руслу реки Пенченга вверх по течению до точки 13855.
От точки 13855, от места слияния рек Большая Пенченга и Малая Пенченга, граница идет 41035, 62 м в юго-западном направлении по руслу реки Большая Пенченга вверх по течению до точки 14532. Далее в юго-западном направлении от пересечения с рекой Большая Пенченга ломаной линией 2533,36 м по лесу до точки 14540. Затем граница следует в северо-западном направлении ломаной линией 1983,57 м по лесу, пересекая хребет Татарский, до точки 14544.
От точки 14544 граница следует извилистой линией 92439,67 м в юго-западном направлении по руслу реки Сухой Пит вниз по течению до точки 16131. Далее граница проходит 2995,54 м извилистой линией от впадения безымянного ручья в реку Сухой Пит по руслу безымянного ручья вверх по течению до точки 16145 - узловой точки пересечения границ муниципального образования Северо-Енисейский район, муниципального образования Мотыгинский район и муниципального образования Енисейский район.