Граница муниципального образования Мотыгинский район по смежеству с землями муниципального образования Эвенкийский муниципальный район проходит от точки 3946 (узловая точка) до точки 4788 (узловая точка) протяженностью 39426,95 м.
От точки 3946 - узловой точки пересечения границ муниципального образования Северо-Енисейский район, муниципального образования Мотыгинский район и муниципального образования Эвенкийский муниципальный район граница следует извилистой линией 14125,05 м в восточном направлении по руслу реки Ямга вверх по течению до пересечения с рекой Ядуль (точка 4260). Затем извилистой линией 25301,90 м граница проходит в юго-восточном направлении по руслу реки Ядуль вниз по течению до места впадения реки Ядуль в реку Каменка, до точки 4788 - узловой точки пересечения муниципального образования Богучанский район, муниципального образования Мотыгинский район и муниципального образования Эвенкийский муниципальный район.