Граница муниципального образования Мотыгинский район по смежеству с землями муниципального образования Северо-Енисейский район проходит от точки 311 (узловая точка) до точки 3946 (узловая точка) протяженностью 318654,98 м.
От точки 311 - узловой точки пересечения границ муниципального образования Енисейский район, муниципального образования Мотыгинский район и муниципального образования Северо-Енисейский район граница проходит 2995,54 м извилистой линией по руслу безымянного ручья вниз по течению до его впадения в реку Сухой Пит (точка 325). Далее граница следует извилистой линией 92439,67 м в северо-восточном направлении по руслу реки Сухой Пит вверх по течению до точки 1912.
От точки 1912 граница следует в юго-восточном направлении ломаной линией 1983,57 м по лесу, пересекая хребет Татарский, до точки 1916. Далее в северо-восточном направлении ломаной линией 2533,36 м по лесу до пересечения с рекой Большая Пенченга (точка 1924). Затем 41035,62 м в северо-восточном направлении по руслу реки Большая Пенченга вниз по течению до места слияния рек Большая Пенченга и Малая Пенченга - до точки 2601.
От точки 2601 извилистой линией 41287,29 м граница следует в северо-восточном направлении по руслу реки Пенченга вниз по течению до места впадения реки Пенченга в реку Большой Пит (точка 2912). От точки 2912 граница извилистой линией 5995,67 м следует в северо-восточном направлении по руслу реки Большой Пит вверх по течению до места впадения реки Горбилок в реку Большой Пит - до точки 2936.
От точки 2936 граница идет 130384,26 м в северо-восточном направлении по руслу реки Горбилок вверх по течению до места впадения реки Ямга в реку Горбилок, до точки 3946 - узловой точки пересечения границ муниципального образования Северо-Енисейский район, муниципального образования Мотыгинский район и муниципального образования Эвенкийский муниципальный район.