Комплексное управление Программой, а также реализацию мероприятий Программы и распоряжение средствами бюджета осуществляет министерство сельского хозяйства и продовольственной политики Красноярского края, в том числе:
составляет и в установленном порядке представляет в Министерство сельского хозяйства Российской Федерации бюджетную заявку на ассигнования из федерального бюджета для финансирования на очередной финансовый год;
отвечает за достижение целей, задач и целевых индикаторов, утвержденных в Программе;
осуществляет финансирование программных мероприятий;
осуществляет мониторинг реализации программных мероприятий, подготавливает информационные справки, аналитические доклады и отчеты о ходе реализации Программы;
принимает решения о необходимости изменения Программы.
Министерство сельского хозяйства и продовольственной политики Красноярского края ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, состав исполнителей Программы с учетом выделяемых на ее реализацию финансовых средств.