Управление кластером и кооперация участников кластера должны базироваться на обеспечении единого подхода и требований к качеству продукции, предоставлении преференций и информационном обеспечении участников кластера. Отбор участников кластера должен производиться на основе значимости номенклатуры и объемов производимой продукции, объема инвестиций в фармацевтические объекты и перспективы развития с учетом проведения научных исследований. Орган управления кластером должен нести ответственность за своевременное информирование участников о перспективных направлениях развития кластера, в том числе возможностях эффективного внедрения продукции в медицинскую практику, а также потенциале и материально-технических ресурсах научных и образовательных учреждений Волгоградской области в целях реализации совместных проектов. Для соблюдения интересов участников и обеспечения гарантий участникам орган управления кластером должен обеспечить единый подход при формировании договорных отношений и реализации совместных проектов в сфере разработки, производства и реализации фармацевтической продукции.
Оценка эффективности реализации Концепции и изменения в структуре управления кластером должны производиться на основании системы целевых показателей как заявленных в Концепции, так и сформированных впоследствии с учетом промежуточных результатов развития кластера.
Одной из возможных форм управления кластером является создание координационного органа, в состав которого включаются представители участников кластера, профильных органов государственной власти, представители научных и образовательных учреждений, а также отдельные специалисты, имеющие непосредственное отношение к функционированию кластера. К обязательным функциям координационного совета должны быть отнесены функции по определению целевых показателей развития кластера, оценка промежуточных результатов в соответствии с целевыми показателями, принятие решений о соответствии фармацевтических организаций требованиям к участнику кластера. Также координационный совет может принимать решения по мерам поддержки участников кластера, по реализации инвестиционных и исследовательских проектов и так далее. Помимо указанного координационного совета целесообразно рассматривать наличие постоянно действующего координационного органа, выполняющего непосредственные функции по администрированию мероприятий в рамках кластера.
Однако при реализации любой модели управления кластером необходимо учитывать соблюдение интересов непосредственных участников кластера, а также их независимость и конкуренцию.