Реорганизация и ликвидация Комитета осуществляются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации и Ивановской области.
При ликвидации, изменении полномочий или прекращении работ с использованием сведений, составляющих государственную тайну, Комитет обязан обеспечить защиту и сохранность этих сведений и их носителей путем разработки и осуществления системы мер режима секретности, защиты информации, охраны и пожарной безопасности.