Внедрение "программного" бюджета предполагает изменение порядка составления, утверждения и исполнения бюджетов, корректировку бюджетной классификации и системы бюджетной отчетности, внедрение новых форм и видов государственного и муниципального финансового контроля.
Переход к системной оценке влияния бюджетных расходов на достижение целей государственных программ предполагает отказ от практики принятия решений по отдельным объектам, узким направлениям.
В то же время при реализации Программы необходимо исходить из того, что сам по себе "программный" бюджет лишь создает необходимые предпосылки для полномасштабного внедрения программно-целевых методов деятельности исполнительных органов государственной власти Краснодарского края. Эффективность "программного" бюджета, как одного из инструментов реализации государственной политики, будет определяться результатами комплексной реформы государственного управления.