В состав Комиссии входят председатель Комиссии, его заместитель, члены Комиссии и секретари.
Комиссию возглавляет председатель Комиссии. Председателем Комиссии является заместитель руководителя Росрыболовства.
Председатель Комиссии осуществляет общее руководство деятельностью Комиссии, председательствует на ее заседаниях, организует работу Комиссии, осуществляет общий контроль за реализацией принятых Комиссией решений и утверждает перечни машин и оборудования.
Заместителем председателя Комиссии является заместитель руководителя Росрыболовства.
Ответственными членами Комиссии являются начальники структурных подразделений Росрыболовства:
- по вопросам поставок оборудования для научных исследований и в образовательных целях - начальник Управления науки и образования Росрыболовства;
- по вопросам поставок оборудования для воспроизводства запасов водных биологических ресурсов - начальник Управления аквакультуры Росрыболовства.
В отсутствие председателя Комиссии его обязанности выполняет его заместитель.
В Комиссию входят два секретаря - представители структурных подразделений Росрыболовства.