Основными задачами ведомственного финансового контроля являются:
контроль за соблюдением подразделениями ФСИН России действующего законодательства Российской Федерации, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативных правовых актов федеральных органов исполнительной власти, изданных в пределах их компетенции, а также приказов и указаний Минюста России и ФСИН России;
контроль за соблюдением государственной дисциплины при использовании бюджетного финансирования, материальных и трудовых ресурсов, правильным и своевременным обеспечением персонала УИС положенными видами довольствия и заработной платой, пенсионным обеспечением и социальным обслуживанием уволенных сотрудников ФСИН России и членов их семей, законностью финансовых и хозяйственных операций, наличием и движением имущества, обеспечением сохранности материальных и денежных средств;
контроль за состоянием финансового и бухгалтерского учета, формированием достоверной и полной информации о финансовых результатах деятельности подразделений ФСИН России, необходимой для оперативного руководства и управления, организацией работы по профилактике финансовых нарушений;
оказание методологической и иной помощи по реализации нормативных документов, регламентирующих финансово-хозяйственную деятельность и контрольно-ревизионную работу в подразделениях ФСИН России;
систематическое обобщение и анализ материалов ревизий (проверок), в том числе с целью подготовки аналитических и служебных записок руководству ФСИН России;
разработка мер по совершенствованию ведомственного и внутреннего финансового контроля за соблюдением финансовой дисциплины по экономному расходованию, сохранности государственных средств и имущества, профилактике недостач, растрат и хищений денежных средств и товарно-материальных ценностей, переплат и недоплат денежного довольствия, заработной платы, пенсий и пособий, улучшению организации учета и отчетности, использованию внутрихозяйственных резервов.