1.1. Руководство.
1.2. Научно-противоэпидемические подразделения:
1) отдел эпидемиологии:
- лаборатория санитарной охраны территории и ЧС;
- лаборатория эпидемиологического анализа и прогнозирования;
- лаборатория эпизоотологического мониторинга;
- лаборатория биологической безопасности.
2) отдел диагностики инфекционных болезней (обеспечение функций Центра индикации):
- лаборатория диагностики инфекционных болезней;
- лаборатория вирусологии;
3) отдел образовательных программ и подготовки специалистов.
1.3. Научно-исследовательские подразделения:
1) отдел "Коллекция патогенных бактерий";
2) отдел микробиологии (обеспечение референс-функций);
3) отдел иммунологии.
1.4. Экспериментально-производственные подразделения.
1.5. Научно-организационные и методические подразделения.
1.6. Инженерно-технические подразделения.