Флаг Федерального дорожного агентства представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета - цвета флага Министерства транспорта Российской Федерации. По нижнему и верхнему краям полотнища флага расположены полосы серого цвета, ширина которых составляет по одной восьмой ширины полотнища.
В крыже расположено изображение Государственного флага Российской Федерации. В центре правой половины полотнища расположена цветная эмблема Федерального дорожного агентства.
Ширина полотнища составляет две трети его длины. Длина и ширина изображения Государственного флага Российской Федерации составляют одну вторую длины и ширины полотнища флага соответственно. Высота эмблемы Федерального дорожного агентства составляет три пятых ширины полотнища флага, ширина составляет одну треть длины полотнища флага. Эмблема Федерального дорожного агентства расположена на расстоянии одной двадцатой ширины полотнища флага от нижнего и правого краев полотнища флага.