В систему органов, обладающих бюджетными полномочиями, входят Высший Государственный Совет Союзного государства, Парламентское Собрание Союза Беларуси и России, Совет Министров Союзного государства, финансовые органы Союзного государства и государств-участников, Центральный банк Российской Федерации, Национальный банк Республики Беларусь, Счетная палата Союзного государства. Каждый орган имеет собственные задачи и действует в пределах закрепленных за ним полномочий.
До создания Счетной палаты Союзного государства ее функции исполняют Счетная палата Российской Федерации и Комитет государственного контроля Республики Беларусь.