Счетная палата Союзного государства осуществляет контроль за исполнением бюджета Союзного государства, реализацией программ, проектов и мероприятий Союзного государства, а также за эффективным использованием средств бюджета и имущества Союзного государства. Проводит экспертизы проекта бюджета, нормативных правовых актов Союзного государства по вопросам регулирования бюджетного процесса в Союзном государстве, порядка разработки и реализации программ и проектов Союзного государства, управления и распоряжения собственностью Союзного государства.
Полномочия Счетной палаты Союзного государства регулируются статьей 56 Договора и соглашением о взаимодействии между финансовым органом Союзного государства и Счетной палатой Союзного государства.
До создания Счетной палаты Союзного государства ее функции осуществляют Счетная палата Российской Федерации и Комитет государственного контроля Республики Беларусь в соответствии с законодательством государств-участников, настоящим Порядком и нормативными правовыми актами Союзного государства.