Председатель ГЭК, утвержденный Рособрнадзором, осуществляет общее руководство работой ГЭК, определяет план работы ГЭК, распределяет обязанности между членами ГЭК, ведет заседания ГЭК, утверждает рабочую документацию, контролирует исполнение решений ГЭК. Председатель ГЭК несет персональную ответственность за принятые решения.
В случае временного отсутствия председателя ГЭК его обязанности исполняет заместитель председателя ГЭК. Заместитель председателя ГЭК обеспечивает координацию работы членов ГЭК, организует работу президиума ГЭК, осуществляет контроль за выполнением плана работы ГЭК.
Ответственный секретарь ГЭК ведет протоколы заседаний ГЭК, организует делопроизводство ГЭК, осуществляет контроль за своевременным представлением материалов для рассмотрения на заседаниях ГЭК, несет ответственность за сохранность документов и иных материалов, рассматриваемых на заседаниях ГЭК.
Председатель, его заместитель, члены ГЭК несут ответственность за соответствие деятельности ГЭК требованиям законодательных и иных нормативных правовых актов.