Переход сельских территорий к устойчивому развитию тормозится отсутствием эффективной системы межведомственного взаимодействия и координации отдельных вопросов, связанных с развитием сельских территорий.
По сравнению с развитыми странами государственная поддержка сельского хозяйства значительно ниже, что является одним из факторов низкой доходности сельского хозяйства, ограничивает возможности модернизации и инновационного развития отрасли, негативно сказывается на уровне оплаты труда работников отрасли и формировании налоговой базы местных бюджетов сельских поселений. Поддержка развития инфраструктуры в целом недостаточна и ориентирована на развитие тех сельских территорий, где осуществляются инвестиции в сельское хозяйство, что еще больше усиливает дифференциацию территорий и очаговость в развитии.
Развитие жизненно важной инфраструктуры здравоохранения и образования подчинено цели обеспечения экономической эффективности в ущерб доступу населения к этим важнейшим социальным услугам, что фактически ведет к нарушению конституционных прав жителей села на медицинскую помощь и образование.
Инфраструктурное развитие сельских территорий, особенно дорожной сети и современных средств связи, ведется темпами, не позволяющими в ближайшее время преодолеть существующий пространственный и коммуникационный разрыв между городом и селом.
Сохраняются ведомственные барьеры, препятствующие доступности ресурсов развития для сельского населения.
Реформирование местного самоуправления не привело к созданию института сельского самоуправления, обладающего достаточными средствами для решения проблем сельского населения. Институты гражданского общества развиваются в сельской местности слабо.
Утрата сельской традиционной культуры не осознается обществом как проблема, заслуживающая внимания и общественных ресурсов для ее преодоления, в результате разрушаются и исчезают уникальные памятники материального и нематериального наследия народов России, служащие основой их идентичности.
Жизнь в сельской местности не является привлекательной для молодежи, отток молодежи из сельской местности в города является ощутимым препятствием для формирования кадровой базы сельского развития.