Длительность получения результатов исследований на основе культивирования микобактерий туберкулеза неблагоприятно сказывается на эффективности химиотерапии, особенно в связи с вероятностью неправильного выбора схемы химиотерапии при наличии ЛУ у возбудителя и риском расширения спектра устойчивости МБТ.
Основное преимущество исследований на основе молекулярно-генетических методов в том, что они являются "быстрыми" методами, позволяющими получить результаты в относительно короткий временной период. Заключение о наличии МБТ в диагностическом материале делается на основании выявления видоспецифичного генетического маркера (ДНК) МБТ или видоспецифичных белков-антигенов, а вывод о ЛУ - на основании выявления мутаций в целевых участках генов МБТ, ассоциированных с ЛУ.
5.1. Выявление генетических маркеров микобактерий туберкулеза в диагностическом материале.
В настоящее время в Российской Федерации зарегистрировано большое количество диагностических тест-систем и методов для выявления маркеров ДНК МБТ на основе амплификации видоспецифичных участков ДНК методом полимеразной цепной реакции (ПНР), отличающихся способом детекции продуктов амплификации. Предпочтительными являются методы, исключающие кросс-контаминацию (взаимное заражение) образцов, с детекцией результатов амплификации в режиме реального времени. Получение положительного результата обнаружения маркера ДНК МБТ методом ПЦР возможно в течение 1 рабочего дня с момента поступления диагностического материала в лабораторию.
Однократное выявление маркера ДНК возбудителя в диагностическом материале без подтверждения положительными результатами исследований на основе методов микроскопии или культивирования МБТ требует осторожной интерпретации в качестве положительного результата и согласования с другими клинико-диагностическими и анамнестическими данными.
5.2. Методы идентификации.
Методы видовой идентификации, основанные на выявлении генетических маркеров МБТ с помощью ПЦР, имеют преимущество в специфичности и быстроте анализа по сравнению с культуральными и биохимическими методами.
Молекулярные методы дифференциации МБТ от нетуберкулезных микобактерий основаны на выявлении видоспецифических структур в геноме или белковом спектре возбудителя. Одни методы направлены только на дифференцировку микобактерий туберкулезного комплекса от нетуберкулезных микобактерий, другие - пригодны для точной видовой идентификации возбудителя.
К методам, дифференцирующим микобактерии туберкулезного комплекса от нетуберкулезных микобактерий, относится ПЦР, выявляющая вставочную последовательность ДНК IS6110, присутствующую только у микобактерий туберкулезного комплекса.
При обследовании больных с поствакцинальными осложнениями (включая поражения внутригрудных лимфатических узлов, костей), ВИЧ-инфекцией, иной иммуносупрессией, при подтверждении наличия ДНК МБТ и/или выделения культуры МБТ, необходимо исключить наличие M.bovis или M.bovis BCG в диагностическом материале. Для этого необходимо провести внутривидовую идентификацию возбудителя с использованием соответствующих молекулярно-генетических тест-систем.
5.3. Иммунохроматографический метод идентификации выросших культур микроорганизмов (метод поддержан ВОЗ), основанный на определении наличия специфического антигена MБT МРТ64, отличается простотой выполнения и позволяет получить результат идентификации МБТ за 15 минут. Данный метод может быть рекомендован в качестве основного при проведении идентификации культур, выросших на жидких и/или плотных питательных средах, а также в контаминированных культуральных образцах.
5.4. Видовая идентификация культур микобактерий на основе молекулярных методов исследований.
Методики, обеспечивающие точную видовую идентификацию нетуберкулезных микобактрий, более трудоемки и требуют больших материальных затрат. К ним относится гибридизационные технологии на нейлоновых мембранах (ДНК-стрипы), позволяющие идентифицировать следующие виды нетуберкулезных микобактерий: M.avium ssp., M.chelonae, M.abscessus, M.fortuitum, M.gordonae, M.intracellulare, M.scrofulaceum, M.interjectum, M.kansasii, M.malmoense, M.peregrinum, M.marinum, M.ulcerans, M.xenopi и M.simiae, M.mucogenicum, M.goodii, M.celatum, M.smegmatis, M.genavense, M.lentiflavum, M.heckeshornense, M.szulgai, M.intermedium, M.phlei, M.haemophilum, M.kansasii, M.ulcerans, M.gastri, M.asiaticum и M.shimoidei. Этим методом можно исследовать культуры с плотной и жидкой питательных сред и получить результат в течение 1-2 дней.
Идентификация МБ до вида может проводиться также с помощью секвенирования, MALDI-ToF масс-спектрометрии, высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ), тонкослойной хроматографии, результаты которых основаны на выявлении уникальных для каждого вида МБ структур.