Проект является комплексным, содержит необходимость выполнения межведомственных задач и требует координации взаимодействия участников разной ведомственной подчиненности и уровня управления (федеральные органы исполнительной власти, Администрация Томской области, органы местного самоуправления гг.Томска, Северска и Томского района, институты развития, крупный бизнес, государственные корпорации и компании с государственным участием, образовательные учреждения высшего образования, институты Томского научного центра Сибирского отделения Российской академии наук, подведомственные Федеральному агентству научных организаций, инновационный бизнес, особая экономическая зона, финансовые организации, объекты инновационной инфраструктуры, а также объекты транспортной и социальной инфраструктуры) на всем жизненном цикле реализации Проекта для достижения конкретных результатов.
Организационная схема и схема управления Проектом строится на принципах проектного управления для вовлечения участников 3 уровней управления - федерального, регионального и местного.
Основными органами управления Проектом являются рабочая группа под руководством Заместителя Председателя Правительства Российской Федерации, включающая представителей профильных федеральных органов исполнительной власти, крупного бизнеса, государственных компаний, проектный комитет Томской области под руководством Губернатора Томской области, и проектный офис.
Рабочая группа проводит координирование государственной политики и мероприятий государственных программ Российской Федерации в целях успешной реализации Проекта и его конкретных мероприятий на территории томской агломерации.
Проектный комитет Томской области является коллегиальным органом, осуществляющим стратегическое управление Проектом. В его состав входят представители органов исполнительной власти Томской области, научных учреждений Федерального агентства научных организаций, территориального органа Федерального агентства научных организаций в Сибирском федеральном округе, научно-образовательного комплекса, инновационного бизнеса, промышленности и гражданского общества. Проектный комитет Томской области осуществляет мониторинг выполнения мероприятий Проекта и при необходимости готовит предложения по их актуализации.
Проектный офис обеспечивает внедрение принципов проектного управления в рамках реализации Проекта и координацию выполняемых участниками действий по направлениям Проекта - созданию объектов, реализации мероприятий и мер организационно-управленческого характера по срокам, полномочиям и ресурсам.
Необходимыми условиями реализации Проекта являются:
поддержка спроса промышленности на новые технологии, перспективные бизнес-модели и органов государственной власти на организационно-управленческие изменения;
применение проектного управления с учетом наличия разных стандартов, создание инфраструктуры проектной деятельности для координации взаимодействия участников Проекта и повышения гибкости управления в условиях бюджетных ограничений;
актуализация цели, приоритетов и принципов реализации Проекта по истечении 3-летнего периода, ежегодная актуализация набора проектов по всем направлениям;
вовлечение участников в реализацию Проекта, согласование и практическое сочетание их интересов за счет выполнения коммуникационного плана;
скоординированное развитие городских территорий томской агломерации для достижения системных результатов Проекта;
использование механизмов общественного участия в реализации Проекта;
создание комфортных условий для ведения бизнеса, привлечения инвестиций и реализации проектов государственно-частного партнерства по направлениям Проекта.
Рабочей группой под руководством Заместителя Председателя Правительства Российской Федерации, проектным комитетом Томской области и проектным офисом осуществляется мониторинг реализации Проекта в целях контроля хода выполнения мероприятий и их результатов по созданию инновационного территориального центра с ежегодным представлением доклада в Правительство Российской Федерации.