Те штаммы, которые после исследований, описанных в предыдущем разделе, признаны не относящимися к S. aureus, подвергаются дальнейшей идентификации для установления их видовой принадлежности.
Дифференциацию S. epidermidis от S. saprophyticus рекомендуется проводить в 3 тестах: определение 1) устойчивости к новобиоцину, 2) фосфатазы, 3) способности окислять маннит. Упрощенная схема идентификации указанных видов представлена в таблице 4. Для штаммов S. epidermidis характерны: чувствительность к новобиоцину, наличие фосфатазы, неспособность окислять маннит, для штаммов S. saprophyticus - противоположные свойства. Поскольку не все стафилококки по своим характеристикам укладываются в указанную схему, такие штаммы следует обозначать Staphylococcus spp.