Из кусочков тканей, гноя и т.д. готовят мазки-отпечатки и окрашивают по Граму. При микроскопии отмечают степень обсемененности бактериями, морфологию и тинкториальные свойства микроорганизмов. В зависимости от результатов бактериоскопии, клинического диагноза и данных прижизненного микробиологического обследования вносят коррективы в ход исследования (расширяют набор питательных сред для первичного посева, учитывают вероятность выделения роящихся протеев и т.д.).