Из мокроты или материала, взятого стерильным ватным тампоном, одновременно с посевом приготавливают мазки, окрашивают их по Граму и микроскопируют с иммерсионным объективом.
При обнаружении микроорганизмов отмечают их морфологические и тинкториальные свойства (кокки, палочки, отношение к окраске по Граму).
Микроскопическое исследование является важным ориентиром. При просмотре мазков из мокроты оценивают общую картину микрофлоры: наличие скоплений грамположительных кокков (Staphylococcus, Micrococcus); цепочек грамположительных кокков (Streptococcus); мелких ланцетовидных, окруженных зоной неокрасившейся капсулы (S. pneumoniae); грамотрицательных кокков (Neisseria); грамотрицательных палочек с закругленными концами, окруженных капсулой в виде светлого ореола (Klebsiella и др.); грамотрицательных палочек (E. coli, P. aeruginosa и др.); мелких грамотрицательных палочек в виде скоплений (Haemophylus); мицелия в бластоспор гриба.
При исследовании мокроты обращают внимание на наличие гранулоцитов, которые всегда можно обнаружить при воспалительных процессах в нижних отделах дыхательного тракта. Их отсутствие и большое количество эпителиальных клеток в мокроте свидетельствует о том, что материал взят неправильно (с примесью слюны) и требуется его повторное взятие. При острой инфекции в мокроте, как правило, обнаруживают не более 1-2 типов бактерий, локализованных вблизи гранулоцитов. Микроорганизмы, попавшие из ротовой полости, чаще располагаются около эпителиальных клеток, и ими следует пренебречь.
По результатам микроскопии могут быть внесены изменения в ход микробиологического исследования.