Федеральным органом исполнительной власти, ответственным за формирование и реализацию Программы, предлагается определить Министерство экономического развития Российской Федерации.
Кроме того, к формированию Программы предусматривается привлечь заинтересованные федеральные органы исполнительной власти - Федеральное агентство железнодорожного транспорта, Федеральное дорожное агентство, Федеральное агентство по обустройству государственной границы Российской Федерации.