Создание и функционирование межведомственной системы основывается на применении следующих принципов:
учет обучающихся в межведомственной системе со дня государственной регистрации рождения и начала обучения в организациях, осуществляющих образовательную деятельность;
обеспечение условий для персонифицированного учета данных об обучающихся;
наполнение межведомственной системы данными из информационных систем различных органов государственной власти и государственных внебюджетных фондов в объеме, необходимом для достижения целей, определенных Концепцией;
обеспечение доступа заинтересованных федеральных органов исполнительной власти и государственных внебюджетных фондов к единым механизмам доступа к данным об обучающихся;
использование для информационного обмена между ведомственными информационными системами инфраструктуры электронного правительства, в том числе единой системы межведомственного электронного взаимодействия, федеральной государственной информационной системы "Единая система идентификации и аутентификации в инфраструктуре, обеспечивающей информационно-технологическое взаимодействие информационных систем, используемых для предоставления государственных и муниципальных услуг в электронной форме", единой системы нормативно-справочной информации;
использование страхового номера индивидуального лицевого счета в качестве единого идентификатора обучающегося для осуществления межведомственного информационного взаимодействия;
соблюдение установленных законодательством Российской Федерации требований по защите персональных данных от несанкционированного доступа.