Реализация задач социально-экономического развития Республики Крым и г. Севастополя без использования программно-целевого метода может привести к следующим последствиям:
сохранение дифференциации между уровнем развития субъектов Российской Федерации, входящих в состав Крымского федерального округа, и среднероссийским уровнем социально-экономического развития;
разобщенность усилий федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти Республики Крым и г. Севастополя и органов местного самоуправления в решении задачи интегрирования экономики Крымского федерального округа в экономическое пространство Российской Федерации;
отсутствие системности в решении существующих проблем макрорегиона;
снижение активности использования потенциала Крымского полуострова (туристско-рекреационного, демографического, природно-ресурсного и других);
сохранение инфраструктурных ограничений в сферах транспорта и энергетики;
невозможность оценки эффективности использования бюджетных средств;
недостаточная гибкость основных элементов системы администрирования и управления ресурсами, выделенными для достижения целей и решения задач Программы.