Ответственным за разработку и реализацию программы "Сахар" является государственный заказчик - Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации. В выполнении программы "Сахар" принимают участие заинтересованные федеральные органы исполнительной власти (по вопросам, отнесенным к их компетенции), органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, учреждения, организации и предприятия независимо от их форм собственности.
Размещение заказов на выполнение программных мероприятий и распределение ежегодно выделяемых на эти цели средств осуществляется государственным заказчиком, как правило, на конкурсной основе посредством заключения государственных контрактов (договоров). Государственный заказчик обеспечивает проведение открытых конкурсов с целью привлечения средств частных инвесторов для выполнения работ по отдельным объектам и проектам программы "Сахар".
Государственная поддержка оказывается в первую очередь предприятиям и организациям, обеспечивающим комплексное выполнение мероприятий программы "Сахар" и организацию свеклосахарного производства с применением современных высокоэффективных технологий.
Государственный заказчик ежегодно формирует и представляет в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Государственный комитет Российской Федерации по науке и технологиям сводную бюджетную заявку на финансирование программы "Сахар", с учетом выделяемых средств уточняет целевые показатели и перечень реализуемых проектов.
В ходе реализации программы "Сахар" Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации обеспечивает координацию деятельности исполнителей, осуществляет проверку выполнения программных мероприятий, целевого и эффективного использования средств, представляет в установленном порядке в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации отчетные данные о расходовании средств федерального бюджета и иную необходимую информацию о ходе выполнения программы "Сахар".