При реализации Программы следует учитывать ряд возможных рисков, связанных с отсутствием финансирования мероприятий Программы, несвоевременным выполнением работ, форс-мажорными обстоятельствами.
Негативный эффект от данных рисков можно снизить путем создания эффективной системы управления на основе четкого распределения функций, полномочий и ответственности основных исполнителей Программы, мониторинга выполнения Программы, регулярного анализа и при необходимости корректировки показателей и мероприятий Программы, перераспределения объемов финансирования в зависимости от динамики и темпов решения тактических задач.