Основными задачами Госкомрыболовства Республики Крым являются:
2.1. Участие в проведении единой государственной политики в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов (в том числе водных биологических ресурсов, занесенных в Красную книгу Республики Крым).
2.2. Формирование концепции и подготовка предложений по стратегии развития рыбохозяйственного комплекса Республики Крым.
2.3. Участие в разработке и реализации государственных программ в рыбной отрасли.
2.4. Создание благоприятных условий для эффективного развития рыбной отрасли.
2.5. Информирование населения Республики Крым о своей деятельности.
2.6. Оказание государственных услуг и управление государственным имуществом Республики Крым.
2.7. Ежегодный мониторинг воспроизводства водного животного мира.
2.8. Определение мест (региональный фактор) для эффективного развития отрасли.
2.9. Осуществление регионального государственного экологического надзора в части охраны, использования и воспроизводства редких и находящихся под угрозой исчезновения видов (подвидов) животного и растительного вида, отнесенных к водным биологическим ресурсам, занесенных в Красную книгу Республики Крым, за исключением водных биологических ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях регионального значения.
2.10. Участие в организации и развитии системы экологического образования, воспитания и формирования экологической культуры.