Для осуществления возложенных функций Крымсельхознадзор в пределах своей компетенции обязан:
5.1. Осуществлять возложенные полномочия в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации, законов и иных нормативных правовых актов Республики Крым.
5.2. Обеспечивать мобилизационную подготовку в Крымсельхознадзоре.
5.3. Направлять в Федеральную службу по ветеринарному и фитосанитарному надзору всю необходимую информацию в соответствии с запросами Федеральной службы но ветеринарному и фитосанитарному надзору, а также отчеты в части осуществления переданных полномочий, в порядке и по форме, утвержденным Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору.
5.4. Выполнять в установленный срок поручения Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по вопросам осуществления преданных полномочий.
5.5. Предоставлять доклад об осуществлении государственного контроля (надзора) в установленной сфере деятельности в срок, определенный Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору.
5.6. Рассматривать в 30-дневный срок предписания (представления) Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору об устранении нарушений, допущенных при осуществлении переданных полномочий, принимать исчерпывающие меры по устранению указанных нарушений.
5.7. Принимать меры по предупреждению коррупционных правонарушений, принимать участие в разработке ведомственных антикоррупционных программ, направлять в установленном порядке в уполномоченные органы материалы о нарушениях законодательства в сфере компетенции Крымсельхознадзора для принятия решения о привлечении виновных лиц к ответственности.
5.8. Осуществлять в соответствии с законодательством Российской Федерации и Республики Крым работу по комплектованию, хранению, учету и исполнению архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Крымсельхознадзора.