Источниками финансирования мероприятий Программы модернизации являются средства консолидированного бюджета Республики Крым и федерального бюджета Российской Федерации в пропорции не менее 5% к 95% от суммы общего бюджета Программы модернизации.
Общий объем финансового обеспечения Программы модернизации составит до 4781345,195 тыс. рублей, из которых 255575,695 тыс. рублей - средства бюджета Республики Крым и 4525769,500 тыс. рублей - средства федерального бюджета, в том числе в 2014 году 1703838,000 тыс. рублей (за счет бюджета Республики Крым 85191,900 тыс. рублей и за счет средств федерального бюджета 1618646,100 тыс. рублей) и в 2015 году 3 077507,195 тыс. рублей (за счет бюджета Республики Крым 170383,795 тыс. рублей и за счет средств федерального бюджета 2907123,400 тыс. рублей).
Не использованный на 1 января текущего финансового года остаток средств, предусмотренных на реализацию мероприятий Программы модернизации в виде субсидий, подлежат возврату в федеральный бюджет, в соответствии с требованиями, установленными бюджетным законодательством Российской Федерации.
При наличии потребности в не использованном в текущем финансовом году остатке субсидии, указанный остаток в соответствии с решением Министерства здравоохранения Российской Федерации может быть использован в очередном финансовом году на цели и в порядке, установленном бюджетным законодательством Российской Федерации для осуществления расходов бюджета субъекта Российской Федерации, источником финансового обеспечения которых является субсидия.
В случае если неиспользованный остаток субсидий не перечислен в доход федерального бюджета, этот остаток подлежит взысканию в доход федерального бюджета в порядке, который устанавливается Министерством финансов Российской Федерации.