Контроль за выполнением Программы модернизации и целевым использованием средств, выделяемых на реализацию мероприятий Программы модернизации, осуществляет Министерство здравоохранения Республики Крым, уполномоченные контрольные органы Республики Крым и Российской Федерации.
Министерство здравоохранения Республики Крым определяет промежуточные результаты и производит оценку хода реализации Программы модернизации, осуществляет внесение изменений в Программу в установленном порядке.
Внесение изменений в Программу модернизации, в том числе в части изменения состава основных мероприятий Программы модернизации, перечня получателей финансовых средств, перечня медицинских учреждений, в которых будут реализовываться мероприятия Программы модернизации, осуществляется на условиях и в порядке рассмотрения, согласования и утверждения Программы модернизации.
Изменения утверждаются постановлением Совета министров Республики Крым после предварительного рассмотрения Министерством здравоохранения Российской Федерации.
Учреждения здравоохранения Республики Крым, участвующие в реализации мероприятий Программы модернизации, ежемесячно до 10-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 20 января очередного финансового года представляют в Министерство здравоохранения Республики Крым информацию о ходе реализации соответствующих мероприятий Программы модернизации. Персональную ответственность за достоверность представляемых отчетных данных несут руководители соответствующих учреждений.
Министерство здравоохранения Республики Крым после проверки, обобщения и анализа информации, полученной от соответствующих учреждений здравоохранения, ежеквартально до 15 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляет в Министерство здравоохранения Российской Федерации отчет о реализации мероприятий Программы и об исполнении условий предоставления субсидий по форме, утвержденной Министерством здравоохранения Российской Федерации, с одновременным информированием Совета министров Республики Крым.