В рамках реализации Государственной программы предполагается участие общественных организаций в составе комиссий по конкурсному отбору получателей субсидий, а также в составе Общественного совета, научных организаций (при выполнении научных исследований, консультаций в рамках осуществления мониторинговых наблюдений и подготовки проектов управленческих решений).
Также участниками Государственной программы являются: Государственный комитет ветеринарии Республики Крым; органы местного самоуправления муниципальных образований в Республике Крым.