Основными задачами Управления являются:
2.1. Реализация мероприятий по предупреждению и ликвидации заразных и иных (по перечню, утверждаемому федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере агропромышленного комплекса, включая ветеринарию) болезней животных, включая сельскохозяйственных, домашних, зоопарковых и других животных, пушных зверей, птиц, рыб и пчел, и осуществление региональных планов ветеринарного обслуживания животноводства.
2.2. Реализация федеральных, разработка и реализация городских целевых программ.
2.3. Надзор за соблюдением органами исполнительной власти, органами местного самоуправления и должностными лицами, организациями, иными хозяйствующими субъектами независимо от их подчиненности и форм собственности, общественными объединениями, международными организациями, иностранными юридическими лицами, гражданами Российской Федерации, иностранными гражданами и лицами без гражданства - владельцами животных и продуктов животноводства (далее - юридические и физические лица) ветеринарного законодательства Российской Федерации и города Севастополя.
2.4. Охрана территории города Севастополя от заноса заразных болезней животных из прилегающих регионов Российской Федерации и иностранных государств.
2.5. Осуществление регионального государственного ветеринарного надзора; организация проведения на территории субъекта Российской Федерации мероприятий по предупреждению и ликвидации болезней животных и их лечению.
2.6. Осуществление переданных полномочий Российской Федерации в области ветеринарии.