Севприроднадзор в соответствии с основными задачами осуществляет следующие функции (полномочия):
3.1. В области обращения с отходами:
3.1.1. Осуществление регионального надзора при осуществлении хозяйственной и иной деятельности в области обращения с отходами (за исключением радиоактивных отходов, биологических и медицинских отходов), охраны атмосферного воздуха, за соблюдением законодательства об экологической экспертизе).
3.1.2. Подпункт исключен постановлением Правительства города Севастополя от 03 октября 2014 года N 356. - См. предыдущую редакцию.
3.1.3. Ведение регионального кадастра отходов, включающего в себя данные, представляемые органами местного самоуправления, а также юридическими лицами, осуществляющими деятельность по обращению с отходами.
3.2. В сфере недропользования:
3.2.1. Организация и осуществление регионального государственного надзора за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр.
3.2.2. Создание и ведение территориальных фондов геологической информации, распоряжение информацией, полученной за счет средств бюджетов соответствующих субъектов Российской Федерации и соответствующих местных бюджетов.
3.2.3. Участие в государственной экспертизе информации о разведанных запасах полезных ископаемых и иных свойствах недр, определяющих их ценность или опасность.
3.2.4. Составление и ведение территориальных балансов запасов и кадастров месторождений и проявлений общераспространенных полезных ископаемых и учет участков недр, используемых для строительства подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых.
3.2.5. Распоряжение совместно с Российской Федерацией единым государственным фондом недр на своих территориях, формирование совместно с Российской Федерацией региональных перечней полезных ископаемых, относимых к общераспространенным полезным ископаемым, и предоставление права пользования участками недр местного значения.
3.2.6. Подготовка и утверждение перечней участков недр местного значения по согласованию с федеральным органом управления государственным фондом недр или его территориальными органами.
3.2.7. Согласование технических проектов разработки месторождений общераспространенных полезных ископаемых и иной проектной документации на выполнение работ, связанных с пользованием участками недр местного значения.
3.2.8. Установление порядка пользования участками недр местного значения.
3.2.9. Участие субъектов Российской Федерации в пределах полномочий, установленных Конституцией Российской Федерации и федеральными законами, в соглашениях о разделе продукции при пользовании участками недр.
3.2.10. Участие в определении условий пользования месторождениями полезных ископаемых.
3.2.11. Обеспечение функционирования государственной системы лицензирования пользования участками недр местного значения;
3.2.12. Организация и проведение аукционов на право пользования участками недр, содержащими месторождения общераспространенных полезных ископаемых, или участками недр местного значения, а также участками недр местного значения, используемых для целей строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых.
3.3. В сфере водных отношений:
3.3.1. Осуществление регионального надзора за соблюдением водопользования и использования водных объектов.
3.3.2. Контроль в области организации и осуществления мониторинга водных объектов.
3.3.3. Организация и осуществление регионального государственного надзора за установлением порядка ведения государственного водного реестра.
3.3.4. Надзор за правилами использования водохранилищ.
3.3.5. Осуществление государственного контроля и надзора за использованием и охраной водных объектов.
3.3.6. Контроль над использованием водных объектов для рекреационных целей.
3.3.7. Предоставление водных объектов или их отдельных частей, находящихся в собственности Севастополя, в пользование на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование, в том числе организация и проведение аукционов по приобретению права на заключение договоров водопользования в части использования акватории водного объекта, в том числе для рекреационных целей.
3.3.8. Осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в собственности Севастополя.
3.3.9. Осуществление мер по охране водных объектов, находящихся в собственности Севастополя;
3.3.10. Утверждение проектов округов и зон санитарной охраны водных объектов, используемых для питьевого, хозяйственно-бытового водоснабжения и в лечебных целях, и установление границ и режима зон санитарной охраны источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения при наличии санитарно-эпидемиологического заключения о соответствии их санитарным правилам.