Контроль за реализацией государственной программы осуществляет заместитель Губернатора автономного округа.
Текущий контроль и управление государственной программой осуществляет департамент здравоохранения автономного округа в части своих полномочий. Текущий контроль осуществляется постоянно в течение всего периода реализации государственной программы путем мониторинга государственной программы и анализа промежуточных результатов.
Оценка социально-экономической эффективности реализации государственной программы проводится ежегодно путем сравнения текущих значений основных целевых показателей с установленными государственной программой значениями.
Департамент здравоохранения автономного округа с учетом объема финансовых средств, ежегодно выделяемых на реализацию государственной программы, уточняет целевые показатели, перечень мероприятий и затраты на них, состав исполнителей мероприятий государственной программы.
В необходимых случаях департамент здравоохранения автономного округа готовит предложения о корректировке перечня мероприятий и средств на их реализацию для утверждения в установленном порядке.