1. Специфические условия развития производительных сил, обусловленные повышенными затратами на производство, в силу особенностей сложных природно-климатических условий Сибири.
2. Неравномерный характер инновационного развития муниципальных образований, обусловленный высокой степенью концентрации научно-интеллектуального и инновационного потенциала в границах ведущих промышленных центров; нарастание диспропорций в силу опережающего развития инновационной системы наукограда.
3. Требующая дальнейшего развития система внутренней кооперации, обеспечивающая переориентацию экономики на замкнутый цикл производства с применением высокотехнологичного оборудования и интеллектуальных разработок.
4. Использование региональными компаниями технологий и технологических решений преимущественно сторонних производителей, в том числе зарубежных.
5. Недостаточная степень вовлеченности крупных промышленных предприятий в инновационные процессы, преимущественное вложение ресурсов в инвестиционные, а не инновационные проекты.
6. Фрагментарность инновационной инфраструктуры в сферах "новой экономики" - производство композитов, наноматериалов, биотехнологии.
7. Неравномерность инновационной деятельности технологического сектора и социальной сферы.
8. Недостаток оперативной и комплексной статистической информации для принятия управленческих решений в сфере инноваций (отсутствие систематизированных данных об объектах инновационной инфраструктуры, кластерах, инновационной деятельности в сельском хозяйстве, строительстве и др.; неполнота статистического измерения малого инновационного бизнеса, особенно микропредприятий).
Учитывая наличие ряда факторов, сдерживающих развитие инновационной сферы Алтайского края, потребуется дальнейшая системная работа, направленная на увеличение эффективности региональной инновационной системы, устранение разобщенности в работе субъектов инновационной деятельности и решение общих задач, обусловленных спецификой инновационной сферы: неразвитость системы проектного и венчурного финансирования, дефицит специалистов по инновационному менеджменту и качественно проработанных инновационных проектов, разрывы в инновационном цикле при переходе от фундаментальных исследований к коммерческим технологиям.