Управление Программой и контроль над ходом ее реализации осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай.
Контроль ведется на основе предоставления ежемесячной и ежеквартальной отчетности Специализированной некоммерческой организацией "Региональный фонд капитального ремонта многоквартирных домов на территории Республики Алтай", муниципальными образованиями в Республике Алтай Министерству регионального развития Республики Алтай.
Контрольные проверки использования целевых средств осуществляет Министерство регионального развития Республики Алтай.