Правительство Республики Алтай направляет и координирует работу администрации города, районов и населенных пунктов, исходя из требований Закона "О местном самоуправлении в Республике Алтай".
Правительство Республики Алтай совместно с местной администрацией города определяет порядок и степень их участия в выполнении республиканских и местных программ социально - экономического развития территорий, мобилизует финансовые и материальные средства для ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
Местная администрация имеет право вносить предложения в Правительство Республики Алтай и республиканские органы, которые подлежат обязательному рассмотрению и ответу.
Правительство Республики Алтай вправе передавать часть своих полномочий по решению вопросов местной жизни администрации города, районов и населенных пунктов. Администрация местного самоуправления также может передавать Правительству Республики Алтай осуществление части своих полномочий.