Правительство Республики Алтай определяет структуру и штатную численность аппарата Правительства, структуру, перечень и наименование республиканских органов государственного управления в пределах бюджетных ассигнований на их содержание и представляет на рассмотрение Государственного Собрания - Эл Курултай.
Правительство Республики Алтай утверждает положения о министерствах, комитетах и других подведомственных органах управления, состав их коллегиальных органов, а также заместителей руководителей министерств, комитетов и других органов управления, подведомственных Правительству республики. Выступает издателем и учредителем государственных средств массовой информации, выпускает информационную и печатную продукцию, ведет регистрацию местных средств массовой информации, лицензирование издательской деятельности.
Правительство Республики Алтай взаимодействует с органами федеральных служб на территории Республики Алтай, предприятиями, учреждениями, организациями федерального подчинения по вопросам, относящимся к ведению Республики Алтай, контролирует их деятельность в установленном порядке, в пределах компетенции решает вопросы о руководителях таких органов.