Правительство Республики Алтай действует в пределах срока полномочий Государственного Собрания - Эл Курултай Республики Алтай, слагает свои полномочия перед вновь избранным высшим представительным органом Республики Алтай и по его решению продолжает выполнять свои обязанности до формирования нового состава Правительства Республики Алтай.