Для обеспечения деятельности Правительства Республики Алтай действует аппарат Правительства Республики Алтай.
Права, обязанности и ответственность работников аппарата Правительства Республики Алтай определяются в соответствии с Положением об аппарате Правительства Республики Алтай, утвержденным Правительством Республики Алтай.
Структура, штаты, размер оплаты труда работников аппарата Правительства Республики Алтай, а также расходы на его содержание определяются Правительством Республики Алтай в пределах расходов республиканского бюджета на содержание Правительства, утверждаемых Государственным Собранием - Эл Курултай Республики Алтай.
Руководители структурных подразделений, их заместители и ответработники аппарата Правительства Республики Алтай назначаются на должность и освобождаются от должности распоряжением Председателя Правительства по представлению управляющего Делами Правительства Республики Алтай.