Органы власти района, города и села взаимодействуют с органами местного самоуправления, исходя из интересов жителей территории, единства целей и задач в решении местных проблем.
Споры между государственными органами власти и органами самоуправления, возникающие по вопросам осуществления их полномочий, решаются путем создания на паритетной основе согласительных комиссий.
При отсутствии согласия в решении возникающих проблем рассмотрение спора может быть передано в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай или суд.
Местные органы государственной власти обязаны создавать необходимые условия для становления и развития органов местного самоуправления, оказывать содействие в осуществлении ими своих полномочий и взаимодействовать с ними, исходя из интересов населения.
Местные органы государственной власти и управления не вправе ограничивать права органов местного самоуправления, установленные Конституцией и законами Республики Алтай.