Правительство Республики Алтай в своей деятельности руководствуется принципами верховенства Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов и федеральных законов, Конституции Республики Алтай, законов Республики Алтай, принципами народовластия, федерализма, разделения властей, ответственности, гласности и обеспечения прав и свобод человека и гражданина.